朱由检在第一次时间整顿内宫及厂卫，是因为内宫及厂卫与自己生命息息相关；都在魏忠贤一人的掌控下对于君王来说太恐怖，必需改变这个状态，将权利分散。
这也是朱由检痛恨田尔耕几个锦衣卫官员的原因。
朱由检的规划里是减少宫内宦官的数量，将其控制在一个合理的范围内，是管住自己的下半身不要招太多的后宫，实在不行再招点宫女。
其次重建锦衣卫和东厂，将锦衣卫逐步打造成对外的情报部门，类似美国中央情报局；在目前情况下主要是对付内部的土司、藩王、沿海海盗等；外部主要是朝贡的西藏、吐鲁番、朝鲜、占城、琉球等国，若即若离的西域各国、日本及南洋各国，有利益冲突的蒙古各部、后金政权、葡萄牙、西班牙及缅甸等国。
东厂主要是监控各地驻军、官员及内部各势力:如白莲教、漕帮等帮会势力；云南沐家、山东孔家、东南士族等家族势力；当然也包括各地土司、藩王、沿海海盗等与锦衣卫重叠的地方。
锦衣卫机构进行了调整，内部划分为十个处，五个常设处及五个机动处：作训处、内务处、事务处、情报处、特勤处及一到五处等十处，负责宫内外仪仗划拨给龙骧四卫，龙骧四卫后被改编为殿前直军。
作训处：负责培训、考核人员；
内务处：负责内部监管及刑讯；
事务处：负责后勤物质供应、财务核算等；
情报处：负责收集各处上报情报处理、分类及归档处理；
特勤处：负责皇室及重要人员的安保工作，后安保工作被转交给新成立的殿前直军，特勤队做为明帝国隐蔽的武装力量，对付敌对势力。
一处：负责北部蒙古、后金，现内蒙、外蒙、东北及西伯利亚；
二处：负责东部朝鲜、日本及琉球等，现朝鲜、日本，后期扩到美洲；
三处：负责东南海盗、在明的外籍人员及商人等，现台湾、菲律宾等地；
四处：负责西南占城、安南、缅甸等，现云南、缅甸、老挝及越南一带；
五处：负责西北西藏、吐鲁番，现西藏、青海、新疆一带，后期扩展中亚；
以上古神兽“应龙”为守护神；应龙为原型、结合原飞鱼纹，即飞龙带羽翅，周边配以蓝白波纹半环绕为徽章，区别于以前的“飞鱼纹”，寓意锦衣卫环御四海，守卫大明；服装早期沿用飞鱼
服，到后期采用黑色为制服主颜色，配以褐色应龙，蓝白波纹装饰，人称“黑衫军”，但大部分锦衣卫是身着便服混在人群里。
经费主要是自持用作掩护的物业及大内拨款支撑，财务需接受银作监监管，及银作监改造成大明皇家银行负监管；大明朝廷财政稳定后，改由内阁和皇室组成的专门委员会拨款，资金自然是国家和皇室各出一半。
锦衣卫指挥结构：设指挥使一人、指挥同知两人、指挥佥事两人、镇抚使十人，下面再是千户、百户等，官职没怎么变化；指挥同知以下官员数目随机构变化而增减。
指挥使直管特勤处及负责整个部门全面事物，两位指挥同知管其它常设四处；两位指挥佥事分管对外五处。。
锦衣卫总部设在北京，其他各省份都有分站，有些省份有几个分站。后期将站点随着贸易路线开遍了世界各地，机构几次整合，成为全球最大情报机构，令各国望而生畏，确是世界各地明人的最好的保护神。
后世欧洲人将锦衣卫和蒙古成吉思汗、匈奴首领阿提拉称为“欧洲三大噩梦”，将锦衣卫的标徽恶化成“带翅膀的飞龙”，作为超级大反派出现在不同著作与童话里，吓小朋友更不在话下。
这么一改革后，朱由检要求在半年内清理完，建立各部门，同时将涉及内部事物移交东厂，在两年内将业务全面铺开。
骆思恭接到这份任务是在七天前，他接到这个任务时当时是呆住了，基于对“阉党”的痛恨他没有告发，反而从自己在锦衣卫的老下级那得到了天启帝确实病危的消息。
自小忠君爱国的他知道这份方案对锦衣卫是最好的，脱离国内政治漩涡，专心对外。经过思考他接受了任务，并推荐自己的儿子骆养性做指挥使，但来人拒绝了，说骆养性性格柔弱不合适做这职位，推荐去武学做文职人员。知道自己儿子秉性的骆思恭没再犹豫，充分准备后在“前夜”龙骧左卫兵围时进入锦衣卫总部衙门。
后世大明情报界推崇他为世界“现代情报业之父”，地位高于在情报界声誉不错的宦官王承恩；因为王承恩虽也改组了东厂，特别是在大明重大变革初期成绩斐然，但后期在东厂挂职专注宫内事物，主要由他的副手常延兴负责处理日常事物，东厂也慢慢脱离了宦官的管控。
东厂的变革有点血腥，主要是两个魏忠贤死党两个大档头想反抗，被王承恩好不犹豫的一招制敌，后加上
魏忠贤的亲笔书信，东厂才安定下来。
王承恩随后改组东厂，组成了：作训司、内务司、事务司、情报司、特务司、赞画处、教务处、北方局、南方局、西北局及西南局等五司二处四局。
作训司、内务司、事务司、情报司与锦衣卫同名部门职责一样；
特务司：主要负责要员安保，包括皇室安全保护；后皇室安保和锦衣卫同部门一样转交给新成立的殿前直军；
赞画处：类似秘书、参谋机构，将情报处资料做成行动计划，协助东厂厂公做出决策。
教务处：负责宗教、土司及帮会组织事物。
北方局：负责黄河以北各省，包括：直隶（现河北、北京、天津等地）、山西、河南、山东及辽东等地。
西北局：负责潼关以西各省，包括：陕西（现陕西、甘肃、宁夏等地）、四川、乌思藏宣慰司（现西藏）、朵甘思宣慰司（现青海）等地。
南方局：负责长江中下游各省，包括：湖广（现湖南、湖北等地）、南直隶（现江苏、安徽等地）、浙江、福建、江西等省。
西南局：负责西南各省，包括:贵州、云南、广东、广西等地。
以上古神兽“貔貅”为守护神；貔貅昂首怒目，蓝白波纹半环绕为徽章，寓意东厂巡视大明，驱除妖魔鬼怪、瘟疫疾病，守护大明安宁；服装以褐色为制服颜色，配红色貔貅，蓝白波纹装饰，人称“褐衫军”。
经费主要是同样用自持用作掩护的物业及大内拨款支撑，财务需接受银作监拨款，及银作监改造成大明皇家银行负责；后世君主立宪后，改由内阁组成的专门委员会拨款，资金自然是国家财政出。
东厂指挥结构：提督一人、督理两人、协理两人、掌班十一人，下面再是领班、司房等，官职没怎么变化；督理以下官员数目随机构变化而增减，提督直管特务司、两处及负责整个东厂全面事物，督理管其它常设四司；协理分管四局；掌班负责五司二处四局。
东厂总部设在北京东华门外旧址，其他各省份都有分站，有些省份有几个分站；机构随大明领土扩展几次整合，成为维护大明内部稳定、惩治犯罪的情报机构，令国内腐败及叛乱分子闻风丧胆。
锦衣卫、东厂，加上后来的组建的军事情报局及情报监管机构殿前直军成为大明帝国四个相互独立、合作及相互监管的主要情报机构。