六月七日，内阁限定最后限定日期一过，应天巡防营冲进了贡院将以张浦为首的五十人驾走，随后大批环卫工人进入贡院清理遗留垃圾及标语，他们花了五天的时间才将被弄得面目全非的贡院清理干净。
北京江南会馆被查封，躲在里面谈事情的温体仁和钱谦益（俩人已被革职在家，偷偷入京为内阁名单活动，此次学 运是互相利用一起策划的)一起带走，在家的几名御史被东厂请去喝茶、问话。
事件过后，邸报刊发崇祯亲写的《党争猛于虎乎！》，痛批了一些人为了权利，是非不明、结党营私、相互勾结，今日是敌人、明日成朋友，将国家利益至于身外，进行道德绑架，其自身又没有任何道德底线的恶劣行为。
接连几日刊发了温体仁和钱谦益的一些贪污受贿、任人唯亲的奇闻密事，每件都证据确凿，让人无法反驳，两人的声誉自此一落千丈。
魏忠贤看到邸报当即派人查封了钱谦益在江南各地的财产，根本不等正式通报后再按律查抄；而且秘密监视风头很盛几位名士，如有童生聚会立马驱散或抓捕，根本不给你解释；更过分他那几个同党还给出规定:童生无辜聚会剥夺功名，以至“阉党”名声在江南更臭了。
朱由检没有将贡院绝食的那些学生关起来，被审查了几日后将他们送去了陕西的皇庄强制劳动教育，让他们去了解西北的实际情况，免得一天到晚不知天高地厚的瞎捣蛋。
他们当中一些人加入了后来对乌思藏的行动死在大明的边疆，一年后被朱由检赦免，有些留在了当地，有些回到老家继续参加科举考试，他们当中也有人后来在文学、农业、医学和牧业上取得不错成绩。
张浦回到江苏老家后还是加入了“复社”，参加了崇祯三年的科举考试一举中第，传为一时佳话，最后成了文学大家。
温体仁和钱谦益全家分别被发配到九原（包头）和呼和浩特推广儒学、教化牧民，几位御史则被发配到云贵推广儒学、感化山民。
那钱谦益到牧区竟然如鱼得水，混得风生水起，在六十岁高龄还娶了一名小部落的十四岁的小公主，夫妻两恩爱不已，经常双栖双飞，在草原传为佳话，吸引了无数大明风流儒士蜂拥前往草原各地教化当地民众。
朱由检快刀处理了京城的学子事件，十日召开禁军各镇团以上军官会议。
六月中五镇被调往天津；四镇带着留在当地的一半俘虏回到北京；二镇被调往郑州，三镇被调往济南，这两镇携带全部装备南下在当地
皇庄补足兵源变成三旅制；六镇在保定与保定镇混编成三旅制后调往石家庄。
北京剩下一镇、四镇补足兵源后和天津调回北京的兵混编成三旅制一万八千人，两骑兵镇同样扩编成三旅制一万五千人，周遇吉带着骑二镇南下德州。
大同镇总兵满桂带一万骑兵南下太原，保定镇南下邯郸。
六月底内阁要求各地要求在一月内完成登记土地情况，逾期将按万历年间土地登记为准。
会试完成后，朱由检没去贡院评卷，约了宋应星、孙元化起身去了宛平，去视察哪里的重工业区建设问题。
崇祯一年六月下旬 宛平城 卢沟桥
朱由检现在已无心观看“卢沟晓月”的风景，宋应星的话给他打击很大，到现在他还没透过气来。
宋应星这货还在桥上喋喋不休的说道：“陛下！工坊区放在卢沟桥下游河段实在不合适；这个浑河之所以为浑河，是因为它会犯浑，在泸定桥以下多次泛滥成灾；特别是六、七月暴雨季节，上面的洪水汇集大量泥沙冲下来，到这河道比较平缓的地带泥沙沉积，河水蔓延，河堤很容易被冲垮。”
朱由检抹下额头上的冷汗，无奈的道：“那如何处理是好呢？”
宋应星指着卢沟桥北方，回道：“陛下，臣已将工坊区建在石景山碧霞元君庙附近（今首钢附近），臣的奏章已禀报过，难道陛下没看到？可能陛下太忙，请陛下赎臣未告之罪！”
他说着就要伏地磕头，朱由检自己疏忽出的错，怎能让下属承当，忙用手扶着他的胳膊说道：“这不怪你，你做得好。浑河这样难到没法驯服么？”
宋应星看着平静的河水，若有所思道：“陛下，与其争便会受其所害，若纵之又费地，需要一个平衡点，工程浩大。”
朱由检明白了，他的脑海里也冒出了些许有关永定河和门头沟的故事，便又问道：“门头沟那边的山洪厉害么？”
宋应星奇怪陛下来看重工业区的，怎么老是问治水的事，他不敢反问，只得老实的说道：“回陛下，这个臣关注过，主要是让出河道周边，将工棚远离河谷，采用的是费地的做法。”
朱由检知道这也许目前是最好的办法了，叹了口气，说道：“你组织工部懂治水的详细勘察下浑河的水文，想几个如何治理的方案；做长远的打算，这条河总要管的，京城和天津的安危还要看它的脸色，以后还是叫它卢沟河吧！”
宋应星想着这可是好事，说不定流芳百世，忙点头称是。
朱由检成功的转移了下属对自己失误的注意，心情大好，转过头来看着孙元化道：“孙大人，现在高炉怎么样了，能跟上火炮的需求么，朕还需要威力更大的火炮。”
孙元化忙道：“陛下，这事可急不得，主要人员培训问题，现在生铁缺口比较大，等石景山的煤铁联合厂建好了就差不多了；这里有六个竖炉三个平炉，年产最高可到三百六十万斤生铁，九十万精钢，只怕到时矿石跟不上。”
朱由检忙问道：“矿山那边谁在管，人手怎么样？”
旁边的宋应星命苦，啥事都知道是怎么回事，回道：“回陛下，矿山是内宫监在管，现在还能满足，以后难说。”
朱由检知道以目前的技术，肯定是人工开采，加一部分滑轮、吊车之类的东西，至于铁制和钢制的轨道什么肯定没有，叹道：“机械厂怎么样了？矿山如果用上机械设备可以提高产量。”
老黄牛宋应星在一边回道：“回陛下，机械厂要等高炉投产后两个月才能建好，钢铁联合企业下月就能投产，主要是粮食供应有点紧张导致人员不够。”
连环套，一环扣着一环，朱由检叹了口气，知道自己心急了，慢慢来吧。
想明白的朱由检回过头对孙元化说道：“是朕心急了，就按原定计划吧。现在主要任务是加大人员培训，改进工艺流程，不久就要取消匠户制和军户制了，你们给朕把能人都把住了，人才才是一切。做好五年内要在南京、太原、武汉、西安那边建好同样规模工坊区的准备，多用人做事。”
宋应星和孙元化激动的对视了眼，忙点头不已。
朱由检没他们他们神情，看着卢沟桥的石狮继续说道：“有时间朕见见那些洋人，把他们都用起来，机密的东西保管好，就不要让他们知道。”
宋应星忙道：“陛下请放心，他们不会知道机密的东西。”
朱由检笑道：“那就好，陪朕好好欣赏风景，这些石狮好像都不同。”
两人一听忙仔细观察起桥上的石狮来，还真不一样，三人在桥上讨论着，桥下卢沟河水象以前一样静静的流着。
注：
1、
永定河，明时叫浑河，清后整治后改名永定河。
2、
卢沟桥的栏杆上石狮因年代久远、多次维修，每次维修石头材质、手工均有差异，导致石狮也有差异。