崇祯三年六月初，大明内阁为祝贺与乌斯藏签订友好互助协议，颁布特别邸报，宣布四件大事；
一、在京城居留的各位亲王报备内宫允许后，可在直隶境内自由活动；如思乡心切，可回乡探亲，时长三个月；解除凤阳府皇家宗人府内皇族成员的圈禁，全部做为平民发往辽东戍边。
二、大赦天下，恢复南京称号，改金陵为南京，恢复江南总督辖区三省一府崇祯三年的乡试。
三、设立青海总督区，辖西宁卫、朵甘卫及土默特青海卫，孙应元为第一任总督，镇北军军部改驻西宁。
四、帝将于六月中南下凤阳、南京两地祭祖、省亲。
内阁邸报发出后，五军都督府对军事部署做出调整，对大明各地驻军进行大规模调整：改镇北军为皇家陆军第一军团、镇西军为皇家陆军第二军团、镇南军为皇家陆军第三军团。
首先：第一军团管辖的六个陆军镇进行整编、复员工作，各镇改为两旅编制，保留番号陆军第一、三、七、九镇，分别驻沈阳、长春、哈尔滨、丹东等四地，四镇总兵为赵率教、黄龙、马世龙和王廷臣；
六个骑兵镇未做调整，军团长赵率教，副军团长黑云龙、马世龙、满桂；但驻地进行了调整，陆军骑兵第二镇驻扎哈尔滨、骑兵第十镇驻新化、骑兵第八镇驻齐齐哈儿；陆军第四、六、九等三镇驻扎丹东、通辽、白山沿线。
整编下来的步兵，被整编成屯垦军被调到到长春到哈尔滨一带放牧，屯田。
其次：第三军团调出陆军步兵第十、十二镇，陆军骑兵第九镇等三镇兵力；余下三镇驻地调整如下：驻济南的第八镇改南京，驻南京十三镇改杭州，驻合肥第十四镇改松江府。
再次：在长沙组建皇家陆军第十五镇，总兵为毛文龙；调郑州第十镇南下武汉，武昌的第十二镇南下南昌，此两镇与第十五镇组建第四军团，军团驻地长沙，毛文龙任军团长。
再次：第一军团空出番号的陆军第五、十一镇，在成都组建两个镇，总兵分别为杨国柱、杜文焕；在重庆组建陆军第十七镇，总兵秦良玉；三镇均为两旅编制，组建第五军团，军团长杨国柱，军团驻地成都。
最后：第二军团新组建了皇家陆军第十六镇（西宁卫）总兵李如桢（李成梁三子）
其它调整：召近卫军副军长周遇吉回京，派满桂到辽东前线指挥剿匪，同时将驻扎石家庄的陆军骑兵第九镇调回北京，与在辽东的近
卫军骑兵第一镇对调番号和归属地。
内阁和五军都督府的这一系列的动作，背后包含了深刻的含义。
表明大明内部的战争基本结束，剩下的是剿匪、种田和休养生息的时间。
辽宁匪情初步平定，除了一、两个后金的死忠往北退进大小新安岭崇山峻岭，他们已成不了气候，单蒙古各卫的武装牧民和屯垦军就足以对付他们。
大批对土地抱以热情的中原移民，跟在明军骑兵镇背后圈地已圈到金上京（哈尔滨）附近，可谓是一举多得，缓解了关内地区人口压力不说，也扩展的边界。
为有效管理东北领土，内阁宣布成立了东北总督区，辖三个新建行省，调山东巡抚陈奇瑜做首任总督，朱大典补山东巡抚。
辖区内重点修建了哈尔滨、长春（黄龙府）、齐齐哈尔等三座大型堡垒，和系列辅助堡垒保护交通线。
新化总督区的改制也是不错，修建新化（呼伦 贝尔）大型城堡，总督驻地也择日搬迁。
科尔沁、敖汉、巴林、翁牛特、扎鲁特等五部留下大片草场，朝廷在个重要节点划出大片土地成立皇家牧场，限制各卫之间的自由移动，也给其它各卫留下足够分配的牧场。
北方各行省和江南地区土改已完成，皇家陆军各镇部队往南调动，开始辅助内阁加强两湖、江西等三省土改力度，北方各省治安交给巡防营负责弹压。
崇祯帝朱由检在登基之初，由于百病丛生、政权不稳，不得不舞动的大刀，现在正慢慢的往下落；虽还不到放马归山、刀枪入库的程度，但调门已没开始时那么高了。
军备调整同时，大明朝廷也开始改变部分内政，适当反思过去，逐步放开舆论管控。
内阁的邸报、京城的《京城周刊》等画风一变，在号召开发东北和西北的同时，连续一个月报道万历朝李成梁、戚继光和俞大猷等人的功绩；
版面和内容也开始增加，开始变得丰富多彩：有各地建设情况汇总、黄淮整治连续报告、肃清吏治连续报道、盐户生活变迁、辽东来信、台湾的前世今生、工商要闻等等内容。
江南总督府也开始刊印地方性《江南春秋》，五天一发，专门刊登大明新闻动态、工商动态、时事评论、诗文鉴赏、小说连载等内容，发往长江沿线各省。
其它总督区也想发地区性报纸，但奈何资金不够才做罢。
大明的变革抛弃了狂风骤雨，变成和风细雨，润物细无声。
一切都在慢慢的变化着，大明的百姓随着这些变化慢慢的改变着。
大明关内（长城内）各省的风平浪静，掩盖了四川、贵州两省卫所的整改，更掩盖了远在西北对乌斯藏的军事行动准备工作。
崇祯三年五月中旬，甘肃省兰州城
镇西军军长孙应元陪同来访的陕甘总督洪承畴，来到城西白塔山游玩观景，从白塔山可以看到黄河对岸兰州城全貌。
两位年纪相仿、地位相同的人站在一起默默的看着，也没多少聊的，倒互相敬重对方，也不会失了该有的礼数。
最终还是洪承畴厌烦了客套，发起了感慨：“应元兄，想当年在乾清宫看为兄和曹兄弟的军事操演，恍惚就在昨日！一晃数年啊！”
“是啊!一晃数年，不仅咱们变了，大明也整个变了样！”
“是啊！大明变得更具有攻击性了，弟不知是福，还是祸？”
洪承畴想着身边这位兄弟就要出征，那地方人烟稀少、苦寒难熬，出征的中原男儿，最后又有多少能活着回到妻儿身边，不禁又发起文人的感慨来
“怎么？彦演兄（洪承畴的字）刚过几天安稳日子，就这么感慨？”
孙应元出身军户，对下层的苦看得透彻，知道如果不消除外来的干扰，大明下层的苦将更重，回话也带了点刺。
洪承畴做为总督，又如何不知这些，装作没听见叹了口气，接着说道：“国事艰难如是，大明又有多少人看明白？辽东虽平，但陕西干旱尚在，那些豪族醉生梦死，又有几人在乎为兄和军士的付出。”
痛！刺骨的痛！
孙应元现在也算是豪族一份子了，听到这话还是莫名心痛！一时竟找不到合适的话来反驳。
两人就这样默默的看着黄河，流经山脚往下奔流而去，只有这黄河亘古不变，持续哺育着中原的子民。
大明的变革不是你死我火的阶级革命，没有将整个社会全面的推倒重来，顶多算地主阶级的改良运动，豪族自然还有很多，更保留许多陋习。
这些还需要时间和法令来调整，一时半会真还没办法，所以皇帝在拼命的建工厂和学校，就是要扶持一批新的阶层。
皇帝似乎忘记了，任何时代社会上层圈子的人，要赚钱是最容易的； 皇帝没忘记，自己动手得来的财富，才是真正的财富；过多的赐予而不用付出，社会也不会进步，最后还是死路一条。