嘉靖皇帝在文华殿听闻外面的喧闹后，坐卧不宁，他命太监黄锦传谕大臣们退朝，几次劝谕，群臣都不予理睬，群臣直到中午仍伏地不起，撼门大哭，有人呼喊着“高皇帝”、“孝宗皇帝”的尊号，声震阙庭。
执拗的嘉靖皇帝不肯稍示退让，朱厚熜对此大怒，他下令令锦衣卫逮捕为首者八人，下诏狱。
此举更是激起了其他大臣的愤怒，文官们前仆后继，不断死谏。不断有人冲至左顺门前擂门大哭。
嘉靖皇帝朱厚熜再次下令将五品以下官员一百三十四人下狱拷讯，四品以上官员八十六人停职待罪。
锦衣卫请示如何处理逮捕的大臣，朱厚熜下令四品以上官员停俸，五品以下官员当廷杖责，二百多大臣人人被扒下衣服，排在太和殿下，上百根棍子同时起落，一时间声响震天，血肉横飞。
二百多名大臣遭到“廷杖”，严刑致死者达十七人，那些侥幸熬过“廷杖”的人，也受到了停俸、除官、充军的处分。
但凡有受过杖责的，都被当时的舆论视为魏征式的大大的忠臣。
嘉靖皇帝宗用廷杖取得了形式上的胜利。
嘉靖皇帝使无数敢于置喙的大臣们被斥，被贬，被杖打，大臣们被杖之后，立即以敢于廷争面折而声名天下，并且名垂“青史”。死是人人都惧怕的，但只是身体上挨几板子就可以名垂千古。因此，不管朝廷讨论的事情是对是错，纯为反对而反对，而冒险骗取廷杖的也大有人在。
嘉靖皇帝一怒之下，用自己的”残暴”，给自己戴上了一顶“暴君”的帽子，成全了许多“忠臣孝子”的名声。最终嘉靖皇帝自己也是身心交瘁、悒郁不乐、整个大明不得安宁，“大礼仪廷杖事件”成了嘉靖皇帝一生中抹不去的污点。
其后杨廷和曾屡次上书嘉靖皇帝，“乞骸骨”，不平之气溢于奏章，请求退休归隐，至后来更加坚决。
嘉靖皇帝深知杨廷和办事勤勉，才干卓越。史载：“其调度区画，取办俄顷，命中书十余人操牍以进，石斋（杨廷和）一一口授，动中几宣，略无舛错”，人才难得，且杨廷和立有定策拥立大功。他一旦求去，这政事何人操理？
嘉靖皇帝再三慰留，可是杨廷和去意已定，倔强的他，丝毫不为嘉靖皇帝言语所动。
嘉靖皇帝找来廖道南，他忿然道，“杨阁老君前失礼，顶撞于朕，以定策国老自居，门生天子视朕，且错处归咎于君上，不符为臣之道。”
“但是朕相忍为国，也是容隐下去，未曾丝毫加罪，可谓是仁至义尽。现在他竟然以辞职要挟于朕，要朕改弦更张，事已至此，朕几乎得罪了整个文官集团，还能回到从前吗？难道说要朕下罪已诏吗？向全天下人认错吗？那朕又错在那儿呢？”
“陛下找臣来的意思是？”廖道南小心翼翼地问道。
“朕找爱卿来的意思是要汝去劝一下他，别执迷不悟，拘结于所谓的礼议之争，朕就是朕，朕不是别人的儿子，朕认母认父，天经地义。朕不会稍稍退步，他这一套以退为进的法子对朕没有用，朕不会听！”
说到这里，嘉靖皇帝脸色缓和了下来，他言道：“朕要卿去劝他一下，让他冷静下来，仍然作他的柱石之臣，协助朕治理好这偌大的天下，将来朕断然不会亏待他！别说太傅，就是人臣所能获得的最高职位——太师之位，对于社稷臣，朕也是不吝啬赐予的。”
说到这里，嘉靖皇帝停顿了一下，又道：“只要杨阁老不再与朕作对，不再辞职，以天下苍生为念，朕即日即可下诏，敕封他晋升太师之职。”
“臣能体会陛下体恤老臣之意，但是吾知吾师，性抱忠贞，他认定的事情就不会变，宁折不弯。”廖道南叹息道。
“杨阁老要一条道路走到黑了？他真能舍弃一人之下万人之上的地位？”嘉靖皇帝问道。
“吾师执着，难以通融。论礼虽少变通，顾所持近正，不为阿容。在正德朝时就多次请求辞官归乡。”
“正德朝时，杨阁老不是最终没有辞官归乡吗？还不是做着内阁首辅，权倾天下吗？”
“那不一样。正德帝不只是优礼于他，一旦吾师切谏，正德帝不得不让他三分，最终选择妥协了事。”
“卿以为朕与正德后兄性格一样？会受大臣掣肘？”
“陛下不一样，性格坚韧，意志坚定不移。”廖道南道。
“卿之意是杨阁老亦是这样，对不？朕与他难以相容，他不去，否则以后也是针尖对麦芒。”
“是的。吾师这才决意求去，这世上恐怕无人能挽回他的去意了。”廖道南长长叹息道。
“让他去罢！他不去，朕母不得为朕母，不得为大明皇太后。旧的不去，新的不来！”嘉靖皇帝不惜内阁停止运转，让政事陷于瘫痪，也不再挽留任杨廷和。
嘉靖三年（1524年）正月，嘉靖皇帝朱厚熜听任杨廷和离去，不过嘉靖皇帝仍然赐杨廷和加盖玉玺的书券，照常例供给他车马、钱粮、护卫，重申以前荫封一子锦衣卫指挥使的授命。
当年九月，嘉靖皇帝更定大礼，为其母后上尊号“大明圣母章圣皇太后”。
“大礼仪式”之争，它不是简单的礼仪之争，是新皇帝与前朝文官势力集团之间的博弈。
朱厚熜最后钦定“大礼”，宣告了皇权的至高无上，标志着他真正掌控了权力。
“大礼仪”之争也使朱厚熜与文官集团产生了严重的对立，在以后的执政生涯中，他对大臣猜忌多于信任，防范多于倚重，并且滥施权谋手腕，竭力营造自己高深莫测的帝王形象，产生了十分消极的影响。
虽然嘉靖皇帝的铁腕手段让百官为之侧目，暂时压下了不满。但是皇宫内外、朝野上下暗流汹涌，仍然不可抑制。
身为太子中允，嘉靖皇帝之经延讲师、日讲官的廖道南，泪水滂沱，依依不舍送了恩师杨廷和一程又一程。
“鸣吾，回去吧！”
“老师......”
“鸣吾，老夫知道汝要说什么话。老夫老了，虽然不是耋耄之年，但是也差不多了，离天远、离土近，年老体衰，已不堪朝廷驱使。乞得骸骨，优游林泉，寄情山水，得偿所愿，亦是快意。”
说到这里，杨廷和望着廖道南说道，“鸣吾，汝系老夫最得意的学生，人品学问皆一流，素有大志，现在又是天子近臣，将来前程远大，鹏程万里，一定要做一个为国为民的好官，以天下为已任，定国安邦。”
“老师的话，学生铭记在心。”
“汝还记得自己说过的话吗？”
“老师，吾与老师谈话时说过，‘门生不曲道以媚时，不诡行以邀名。’”
“鸣吾，除此外，为师还记得汝还曾经说过，‘直则刚，刚则脆.脆易折。门生选直中曲，不茎不枝，舌以柔存，齿亡以刚。直中有曲则好。’对不？”
“对！”
“老师的结局应验了汝之话，为师性刚直，眼里揉不得沙子，直则刚，刚则脆.脆易折。当今皇上天资英断，睿识绝人，有一代明君的资质，辅左得人，可唐宗宋祖亦可追；但是性格刚愎自用，很难纳谏，甚至于做事一意孤行，辅左非人，亦可由明变暗，忽明忽暗，甚至于......”杨廷和欲言又止。
“老师不妨直言。”
“日后汝自有体会！为师的要告戒汝的是，要成就一番大事业，光有才是不行的，要做一个皇上的良辅，光有忠心是不行的，要用智，让一个刚愎自用，苛察的皇上接受汝的建议，要讲策略。”
“直中曲，不茎不枝，有方有圆，让他知道汝有才，但是又放心用汝，否则一个倔强的皇上，很难与一个倔强的臣子融洽相处，即使有暂时的妥协与退让，也无补于事，裂隙最终只会越来越大，最终难以收拾。”
“要象水一样，天下至柔，却又是天下至强，一旦形成力量可以排山倒海。这些天，为师的也在反思，吾一切遵循圣人之道，儒家理论，自认为无愧于国，无愧于人！”
“但是圣人理论就一定完美无缺吗？正德皇帝选择当今皇上为嗣，仅仅是因为他俩是堂兄弟？血缘关系最近？”
“老师终究也在反思自己了。老师是一个襟怀坦白的人，正德皇上在天之灵也应该释怀了吧。”廖道南暗暗道。
一天，皇宫上空狂风暴雨，电闪雷鸣，奉天殿被雷击中，“轰”地一声，燃起了冲天大火，奉天殿被熊熊烈焰吞噬，化为灰尽。
奉天殿与其北部的华盖殿、谨身殿共同组成了明廷“三大殿”建筑群，是明代紫禁城宫殿建筑群的核心，亦是皇权的象征，是明代历代天子建极绥猷的圣地。
嘉靖皇帝不免内心惊恐，“难道朕有咎，列祖列宗在天之灵示警？”